Hinter den Kulissen des Nationalkomitees "Freies Deutschland" befand sich das Institut 99. Bislang tauchte diese Einrichtung lediglich in den Erinnerungen der kriegsgefangenen NKFD-Mitglieder als Stadtkomitee in Moskau auf. Dokumente aus russischen Archiven belegen jedoch, dass es sich um eine viel einflussreichere Institution handelte. Sie gehörte zum Nachfolgeapparat der 1943 nominell aufgelösten Komintern und war unter der Tarnbezeichnung "wissenschaftliches Forschungsinstitut Nr. 99" für die Organisation der gesamten "antifaschistischen Erziehungsarbeit" in den sowjetischen Kriegsgefangenenlagern zuständig. So unterstanden dem Institut 99 auch die Antifa-Schulen, in denen Kriegsgefangene zu kommunistischen Kadern geschult werden sollten. Gleichzeitig mit dem Nationalkomitee "Freies Deutschland" im Sommer 1943 gegründet, steuerte es aber vor allem dessen Propaganda und stimmte sie auf die Ziele der sowjetischen Deutschlandpolitik ab. Nach dem Eintreffen der "Gruppe Ulbricht" in Berlin im Mai und der Auflösung des NKFD Ende 1945 verlor das Institut 99 rasch an Bedeutung, bestand aber noch bis Ende 1946 fort.